Fiabilité et pertinence clinique du test de résistance au VIH chez les patients présentant de faibles taux de virémie

Contexte Nous avons évalué la fiabilité et l’utilité clinique du test de résistance génotypique GRT chez les patients pour lesquels le traitement antirétroviral combiné a échoué avec des taux de virémie – copies / mL, pour lesquels la GRT n’est généralement pas recommandée par les recommandations actuelles. taper des échantillons de plasma de VIH avec de la virémie & gt; copies / mL, testé en utilisant le système de génotypage viral ViroSeq commercial ou un système maison Une analyse phylogénétique a été réalisée pour tester la fiabilité et la reproductibilité de la GRT à faible niveau de virémie LLV La résistance médicamenteuse a été évaluée dans des échantillons de patients pour lesquels le traitement a échoué. & gt; En général, le taux de réussite de l’amplification / séquençage était de% virémie et les taux de réussite de% et de%, respectivement, atteignant% à – copies / mL et ≥% copies / ml Une forte homologie entre les séquences appartenant au même sujet pour% des patients analysés a été retrouvée La prévalence globale de la résistance était de% La résistance aux médicaments était communément retrouvée au LLV En particulier, en stratifiant pour différentes plages de virémie, la détection de la résistance était la suivante: – copies / mL =%; – =%; – =%; – =%; – =%; et & gt; =% P & lt; Des résultats similaires en forme de cloche ont été observés lorsque l’analyse GRT était limitée à, bien qu’à une prévalence légèrement plus faible. Conclusion Chez les patients présentant un échec du TARV avec LLV, le génotypage du VIH fournit des résultats fiables et reproductibles informatifs sur la résistance émergente aux médicaments

Le génotypage du VIH, la virémie VIH, la résistance aux médicaments, la phylogenèse, les résultats cliniquesVoir l’article majeur par Gonzalez-Serna et autres sur les pages, et le commentaire éditorial de Richman sur les pages -Les dernières années, la thérapie antirétrovirale pour le traitement des humains. le type de virus de l’immunodéficience VIH-infection s’est amélioré; à ce jour, environ% des patients infectés par le VIH qui commencent un traitement de première intention réalisent une suppression virologique Cependant, des échecs thérapeutiques sont toujours observés dans la pratique clinique; LLV recommandent l’utilisation de tests de résistance pour orienter la poursuite du traitement L’évaluation de l’échec du traitement chez les patients atteints de LLV est généralement déconseillée. Cette limite potentielle de la GRT découle principalement des limites de détection des tests commerciaux, ainsi que de la difficulté technique de nombreux laboratoires à obtenir des résultats cohérents avec ce LLV, mais certaines études Nous soutenons de plus en plus la réussite de l’exécution de génotypes à ce niveau Dans cette étude, nous fournissons des données pour soutenir la fiabilité et l’utilité de la GRT à des niveaux de virémie ≤- copies / mL en analysant une grande population de VIH. Des patients infectés suivis dans le centre de l’Italie qui ont subi une TGR dans une pratique clinique de routine. De plus, nous avons évalué si vels affectent la détection de la pharmacorésistance chez les patients infectés par le VIH qui ont échoué

MATÉRIAUX ET MÉTHODES

Les patients

Cette étude rétrospective comprenait des échantillons de plasma VIH qui ont été génotypés pendant – dans des centres cliniques à Rome en Italie pour des raisons cliniques de routine. Date d’échantillonnage, résultats finaux du séquençage, séquences nucléotidiques obtenues, mutations trouvées dans chaque séquence, ainsi que les données des patients pour qui le génotypage a été effectué, c.-à-d., les données viro-immunologiques, cliniques et thérapeutiques ont été enregistrées dans une base de données anonyme. Pour chaque échantillon, la valeur de virémie au génotypage était connue Nous avons focalisé nos analyses sur des échantillons avec virémie & gt; copies / mL N = qui ont été stratifiés en groupes selon différents grades de virémie copies / mL: -, -, -, -, et & gt;

Charge VIH-ARN

Selon les méthodologies disponibles au cours de -, la virémie plasmatique a été déterminée en utilisant différents dosages: la version de l’ADNb jusqu’en janvier; Bayer Corporation, Division des diagnostics, Tarrytown, New York, Abbott RealTime HIV – février – février; Abbott, Chicago, Illinois et la version CA / CTM de Roche Cobas à partir de mars; Roche, Mannheim, Allemagne Ces tests quantifient l’ARN du VIH dans la gamme suivante: – copies / mL, – copies / mL, et – copies / mL, respectivement. Des études antérieures ont démontré que les résultats obtenus par ces essais étaient bien corrélés, avec une différence de & gt; log copies / mL, seulement pour quelques échantillons

Séquençage du VIH-pol

L’analyse du génotype VIH a été réalisée sur des échantillons de plasma en utilisant soit le système de génotypage VIH ViroSeq Abbott Molecular et / ou un système maison, conçu pour améliorer les performances du système ViroSeq lui-même En effet, le succès du génotypage est généralement garanti Pour les échantillons avec virémie ≥ copies / mL Par conséquent, certaines étapes du système ViroSeq ont été modifiées, afin de tester également les séquences VIH-pol chez les sujets présentant une virémie & lt; copies / mL Tous les détails sur les procédures d’amplification et de séquençage peuvent être trouvés dans les Méthodes Supplémentaires et la Figure supplémentaire

Analyse de sous-typage

Toutes les séquences de VIH-pol ont été alignées dans Bio-Edit et comparées aux séquences de référence pour les principaux sous-types de VIH et les formes recombinantes circulaires CRF, disponibles à la base de données de Los Alamos http: // wwwhivlanlgov; un arbre phylogénétique a été réalisé Pour analyser les tendances de la diversité génétique des sous-types au fil du temps, les distances génétiques ont été calculées en utilisant la méthode du maximum de vraisemblance dans MEGA http: // wwwmegasoftwarenet /, en utilisant le modèle Kimura -parameter comme modèle d’évolution reconstruction L’arbre a été montré en utilisant l’interface graphique FigTree Sous-type de classification a été confirmée également par l’outil sous-type REGA http: // wwwbioafricanet / rega-genotype / html / subtypinghivhtml, l’outil sous-type COMET http: // cometretrovirologylu /, et l’outil sous-type DataMonkey http: // wwwdatamonkeyorg / dataupload_scuealphp Pour améliorer la précision des formes recombinantes et uniques, le logiciel RDP http: // webcbiouctacza / ~ darren / rdphtml et le logiciel Splits Tree http: // enbio-softnet / tree / SplitsTreehtml ont été utilisés

Évaluation du taux de réussite génotypique et de la fiabilité du génotypage

Le taux de succès du génotypage a été déterminé sur la population globale et selon les différents grades de virémie -, -, -, -, et & gt; copies / mL, quelle que soit la plateforme de génotypage mise à niveau de l’équipement, des trousses et des réactifs Pour s’assurer qu’il n’y avait pas de contamination croisée des échantillons analysés et pour tester la fiabilité du génotypage des échantillons avec virémie ≤ copies / mL, une analyse phylogénétique a été effectuée. réalisée sur un sous-groupe de séquences pol, obtenues à partir de patients avec au moins GRT réalisée sur des échantillons avec virémie ≤ copies / mL et au moins GRT avec virémie & gt; copies / mL L’analyse phylogénétique des séquences pol a été réalisée en utilisant le modèle Kimura -parameter de la version MEGA, avec les mêmes paramètres que précédemment décrits

Évaluation de la résistance chez les patients ayant eu un échec thérapeutique

La prévalence de la pharmacorésistance a été évaluée, et stratifiée en fonction des différents niveaux de virémie, dans un sous-ensemble d’échantillons génotypés avec succès de patients ayant des antécédents thérapeutiques complets, pour lesquels une GRT était nécessaire en raison d’une défaillance virologique définie comme virémie. copies / mL La résistance à une classe de médicaments antirétroviraux était définie par la présence d’au moins une mutation de résistance primaire PRM incluse dans la liste des mutations de l’International Antiviral Society dans , considérant les inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse NRTI, les inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse NNRTI, et inhibiteurs de la protéase IP En particulier, nous avons défini la résistance à toute classe de médicaments dans les échantillons globaux analysés; ii la résistance aux INTI parmi les échantillons de patients ayant reçu des schémas contenant des INTI; iii la résistance aux INNTI parmi les échantillons de patients ayant reçu des régimes contenant des INNTI; iv la résistance aux IP parmi les échantillons de patients ayant reçu des schémas posologiques contenant des IP stimulés par le ritonavir PI / r; et v la résistance aux IP parmi les échantillons provenant de patients ayant reçu des IP contenant du ritonavir non stabilisé. Pour mieux comprendre la pertinence clinique de la GRT chez les patients présentant un échec du LLV au moment des thérapies anti-VIH modernes, la prévalence des PRM uniques a également été évaluée. les échantillons provenant de patients pour lesquels une TGR était requise en raison d’une défaillance virologique au cours des années – Cette analyse a été réalisée en divisant les échantillons en groupes selon les niveaux de virémie ≤ copies / ml n = ou & gt; copies / mL n =

Analyse des résultats du patient

Pour évaluer l’effet de la résistance au LLV sur les résultats virologiques ultérieurs, d’autres analyses ont été limitées à des patients précédemment naïfs en traitement de première ligne pour lesquels une TJ était demandée à des niveaux de virémie de – copies / mL. Les patients étaient inclus seulement s’ils étaient suivis longtemps qu’ils recevaient une thérapie constante sans aucun changement ou interruption

Analyses statistiques

Les différences potentielles entre les différents groupes de virémie ont été évaluées comme suit: i pour les variables catégoriques, par le test for pour la tendance à comparer tous les groupes de virémie et test de Pearson ou test exact de Fisher lorsque les fréquences attendues étaient & lt; comparer les groupes de virémie à la fois; et ii pour les variables continues, par le test de Kruskal-Wallis pour comparer tous les groupes de virémie En ce qui concerne le résultat virologique, l’analyse de Kaplan-Meier a été utilisée pour évaluer la probabilité d’atteindre la virémie & gt; copies / mL après LLV dans toutes les analyses effectuées, P & lt; a été considéré comme statistiquement significatif Les programmes statistiques utilisés étaient la version du logiciel open source R et la version SPSS pour Windows SPSS Inc, Chicago, Illinois

RÉSULTATS

Population étudiée

Le tableau montre les caractéristiques des échantillons de plasma avec la virémie & gt; copies / mL, traitées pour le génotypage dans la pratique clinique de routine à Parmi celles-ci,% ont été obtenues chez des patients naïfs de médicaments et% chez des patients expérimentés chez des patients pharmacovigilants, des taux de virémie de – copies / ml représentaient% / de total des demandes génotypiques Figure Cette prévalence a significativement augmenté au fil du temps, de% en – à% dans P & lt; Une proportion constante d’échantillons avec LLV était avec virémie – copies / mL / [%] vs [%] avec virémie – copies / mL

Caractéristiques de la table des échantillons de plasma avec HIV-RNA & gt; Copies / mL aux tests de résistance génotypique Variable Non% Patients N = Patients avec un échantillon seulement Patients avec & gt; échantillon Échantillons N = Patients naïfs d’origine pharmacologique Patients pharmacologiquement expérimentés Échantillons ayant des informations de sous-type disponibles B CRF_AG C F BFb G A Autres Échantillons d’après les plages de virémie, copies / mL – – – – – & gt; Variable Non% Patients N = Patients avec seulement un échantillon Patients avec & gt; échantillon Échantillons N = Patients naïfs d’origine pharmacologique Patients pharmacologiquement expérimentés Échantillons ayant des informations de sous-type disponibles B CRF_AG C F BFb G A Autres Échantillons d’après les plages de virémie, copies / mL – – – – – & gt; Abréviation: VIH-, virus de l’immunodéficience humaine de type a L’information sur le sous-type était disponible pour% d’échantillonsb Y compris CRF, CRF, CRF, CRF, CRFView Large

Figure Vue largeTélécharger des demandes gynotypiques pour des échantillons de plasma de patients expérimentés, – Les proportions de demandes génotypées stratifiées par différentes plages de virémie sont représentées dans différentes nuances du noir au blanc Les différences de demandes génotypiques au cours des années chez les patients avec des niveaux de virémie vs patients avec des niveaux de virémie & gt; copies / mL ont été évaluées par χ test de tendance P & lt; – Les proportions de demandes génotypiques stratifiées par différentes plages de virémie sont représentées dans différentes nuances du noir au blanc Les différences de demandes génotypiques au cours des années chez les patients avec des niveaux de virémie – copies / mL vs patients avec des niveaux de virémie & gt; copies / mL ont été évaluées par χ test de tendance P & lt; a été considéré comme significatif. L’analyse phonogénétique a révélé que le sous-type B était la souche la plus prévalente. Tous les autres sous-types étaient présents avec une prévalence <%; les plus répandus étaient la forme recombinante CRF_AG% et les sous-types C% et F%

Taux de réussite du génotypage

Le taux de réussite global de l’amplification et du séquençage du génotype était de% Le taux de réussite était de% pour les échantillons avec des niveaux de virémie – copies / mL,% pour les patients avec virémie – copies / mL, et réduit à un pourcentage encore pertinent pour la virémie – copies / Table Table Le taux de succès du génotypage était indépendant du sous-type dans tous les groupes de virémie. En concentrant l’attention sur les sous-types non-B les plus prévalents analysés C, F, CRF_AG, aucune différence dans le taux de succès n’a été trouvée.

Tableau Taux de réussite de la résistance au génotypage du VIH selon différents niveaux de virémie Gamme de virémies, copies / mL GlobalNon% succès Sous-type B, Non% Succès Non-B, Non% Succès P Valuea Global – – – – – & gt; Gammes de virémie, Copies / mL OverallNo% Succès Sous-type B, No% Succès Non-B, No% Succès P Valuea Overall – – – – – & gt; Abréviation: VIH-, type de virus de l’immunodéficience humaine Le succès du test de résistance génotypique dans des échantillons de plasma de patients infectés par le VIH a été évalué sur la population globale avec viremia & gt; copies / mL N = et selon le sous-type B vs non-B, en stratifiant pour les plages de virémie Le taux de succès du génotypage chez les patients avec virémie & lt; copies / mL était% a Les différences potentielles dans le taux de succès génotypique dans les sous-types B et non-B ont été évaluées par χ test corrigé pour la taille de la population, selon le cas, ou test exact de Fisher, selon le cas P & lt; a été considéré statistiquement significatif. View LargeInterestingly, l’utilisation supplémentaire d’une réaction en chaîne par polymérase nichée PCR ou protocole d’amplification modifiée; voir Méthodes supplémentaires et Figure supplémentaire a significativement amélioré le taux de réussite global dans les échantillons avec LLV P & lt; En particulier, l’amplification emboîtée a contribué à%,% et% des succès génotypiques totaux avec des niveaux de virémie -, -, et – copies / mL, respectivement dans les échantillons avec des niveaux de virémie & gt; copies / mL, la contribution de l’amplification emboîtée était moins pertinente de% à%; données non affichées

Fiabilité du génotypage

Pour tester la fiabilité du génotypage pour des échantillons avec VL ≤ copies / mL, nous avons effectué une analyse phylogénétique sur des séquences de patients ayant au moins un échantillon génotypique avec virémie – copies / mL et au moins une autre avec virémie & gt; Copies / mL En évaluant chaque grappe, nous avons trouvé que les séquences appartenant au même sujet présentaient une valeur bootstrap d’homologie élevée & g%;% en% des cas / patients Figure supplémentaire Seulement des séquences% des patients restants ne se regroupaient pas correctement chez un même sujet

Évaluation de la résistance selon différentes plages de virémie chez les patients en échec thérapeutique

La prévalence des PRM a été analysée sur des échantillons d’un sous-groupe de patients lors d’un échec thérapeutique. Les caractéristiques des patients de ce sous-groupe sont rapportées dans le tableau supplémentaire Globalement, l’année médiane de génotypage était interquartile, – et la proportion d’échantillons des patients infectés de sous-type à propos de% La prévalence globale des échantillons avec au moins PRM était de% Tableau La résistance aux IP chez les patients traités par PI / r était en général moins fréquente que la résistance NRTI ou NNRTI%, vs% et%; P & lt; ; Table

P Valueb Non% P Valuea PRMs, No P Valeurb Fourchettes globales – – – – – – & lt; – & lt; & lt; – & lt; & lt; – & lt; – & lt; – & lt; – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – & gt; – – – – – Gamme de virémie, copies / mL Tous les échantillons prélevés sur des patients prenant des INTI Échantillons de patients prenant des INNTI Échantillons de patients prenant des IP renforcés par le ritonavir Échantillons de patients prenant des IP de ritonavir non stabilisés Résistance à toute classe Résistance INNTI Résistance INNTI IP Résistance PI Résistance Non% P Valuea PRMs, Non P Valeurb Non% P Valuea PRMs, Non P Valeurb Non% P Valuea PRMs Non P Valeurb Non% P Valuea PRM, Non P Valeurb Non% P Valuea PRMs, Non P Valeurb Fourchettes globales – – – – – – & lt; – & lt; & lt; – & lt; & lt; – & lt; – & lt; – & lt; – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – & gt; Le pourcentage de pharmacorésistance et le nombre médian de PIR ont été évalués en fonction des plages de virémie chez les patients ayant des antécédents thérapeutiques connus et avec au moins un test de résistance génotypique à l’échec. Des tests de résistance génotypique ont été réalisés entre mai et décembre; -Résistance à une classe de médicaments antirétroviraux a été définie par la présence d’au moins PRM inclus dans la liste des mutations portée par l’International AIDS Society en , compte tenu des INTI, des NNRTI et des IP En particulier, nous avons défini la résistance à toute classe de médicaments dans l’ensemble des échantillons analysés; ii la résistance aux INTI parmi les échantillons de patients ayant reçu des schémas contenant des INTI; iii la résistance aux INNTI parmi les échantillons de patients ayant reçu des régimes contenant des INNTI; iv la résistance aux IP parmi les échantillons provenant de patients ayant reçu des régimes contenant des inhibiteurs de protéase stimulés par le ritonavir; et v la résistance aux IP parmi les échantillons provenant de patients ayant reçu des régimes contenant des IP non métabolisés par le ritonavir. Dans toutes les analyses effectuées, P & lt; a été considéré statistiquement significatif. Abréviations:%, proportion d’échantillons avec au moins PRM selon la classe de médicaments; IQR, intervalle interquartile; INNTI, inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse; NRTI, inhibiteur nucléosidique de la transcriptase inverse; PI, inhibiteur de protéase; Les différences potentielles dans le pourcentage de résistance entre les différentes plages de virémie ont été évaluées par le test for pour trendb Les différences potentielles dans le nombre de PRM parmi les différentes plages de virémie ont été évaluées par le test de Kruskal-Wallis LargeIf nous considérons la résistance PI chez les patients pour lesquels un traitement de première ligne contenant un IP / r a échoué, le taux de résistance a chuté de façon spectaculaire à%. En revanche, la résistance aux IP chez les patients traités avec des IP non stabilisés était plus similaire à celle des INTI / INNTI % et reste élevé également chez les patients testés en première intention% La prévalence de la résistance variait significativement selon les strates de virémie P & lt; et était caractérisé par une courbe en cloche dans laquelle la prévalence la plus élevée était dans la strate – copies / mL, avec des valeurs de prévalence plus faibles aux strates de virémie inférieures et supérieures. La détection de résistance était également constante au LLV. copies / mL, résistance aux INTI était de%, résistance des INNTI était de%, résistance aux IP non stabilisée était de% et résistance PI / r était de% Pour la virémie – copies / mL, les taux de résistance étaient respectivement%,%,% et Pour des virémies – mL / mL, à%,%,% et% pour chaque classe de médicaments respective Tableau Par conséquent, des niveaux importants de résistance peuvent être détectés également à LLV pour toutes les classes de médicaments, avec des taux plus élevés pour NRTI et NNRTIs La résistance stratifiée pour la virémie était similaire, compte tenu également des échantillons provenant uniquement de patients en échec de leur traitement de première intention. En particulier, une proportion constante de résistance aux INTI et aux INNTI a été observée aux niveaux de virémie – copies / mL, alors que la des exemples de patients pour lesquels un traitement de première intention contenant PI / r était infructueux pour la virémie – copies / ml: résistance aux INTI,%; Résistance aux INNTI,%; Résistance PI / r,%; pour la virémie – copies / ml: résistance aux INTI,%; Résistance aux INNTI,%; Résistance PI / r,%; pour la virémie – copies / ml: résistance aux INTI,%; Résistance aux INNTI,%; Résistance PI / r,% La résistance aux NRTI et NNRTI a varié en fonction des strates de virémie en restreignant également l’analyse pendant -, avec une prévalence de résistance encore considérable dans les échantillons avec des niveaux de virémie ≤ copies / mL Figure En revanche, la prévalence de PI la résistance n’a pas été influencée par les strates de virémie, car elle était très limitée parmi toutes les échecs et était presque nulle chez les patients ayant échoué à leur traitement de première intention contenant un IP / r

Figure Vue largeDownload slideRésistance à l’inhibiteur nucléosidique de la transcriptase inverse NRTI, inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse NNRTI ou inhibiteur de la protéase potentialisé par le ritonavir PI / r dans les échantillons prélevés de janvier à décembre stratifiés pour les plages de virémie plasmatique. Les INNTI ou le traitement par PI dopé au ritonavir ont échoué La résistance était définie par la présence d’au moins une mutation de résistance NRTI, NNRTI ou PI parmi les panels de l’International AIDS Society-USA Différences potentielles dans le pourcentage de résistance entre les différentes virémies les plages ont été évaluées par χ test pour la tendance P & lt; Résistance à l’inhibiteur nucléosidique de la transcriptase inverse NRTI, inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse NNRTI, ou inhibiteur de la protéase potentialisé par le ritonavir PI / r dans les échantillons prélevés de janvier à décembre stratifiés pour les plages de virémie plasmatique. La résistance a été définie comme étant la présence d’au moins une mutation de résistance aux INTI, aux INNTI ou aux PI parmi les panels de l’International AIDS Society-USA Différences potentielles dans le pourcentage de résistance chez les patients traités par INTI, NNRTI ou RTI. différentes plages de virémie ont été évaluées par test for pour la tendance P & lt; a été considérée comme significative Enfin, en caractérisant la prévalence de chaque PRM unique dans des échantillons génotypés au cours des années -, aucune différence majeure n’a été trouvée en analysant des échantillons avec la virémie ≤ vs & gt; copies / mL Tableau supplémentaire En particulier, seul le NNRTI PRM KN a été trouvé avec une prévalence significativement plus élevée chez les patients qui ont échoué le traitement avec la virémie & gt; copies / mL% vs ≤ copies / mL% P & lt; , après correction de la comparaison multiple

Résultat virologique

Par l’analyse de Kaplan-Meier, nous avons constaté que la probabilité d’atteindre la virémie & gt; copies / ml après LLV était significativement plus élevé chez les patients résistants que chez ceux sans résistance, comme suit: à semaines,% vs%; en semaines,% vs%; en semaines,% vs% P & lt; ; données non affichées

DISCUSSION

La capacité à détecter facilement les échantillons avec LLV est principalement due à l’amélioration de l’étape d’amplification réalisée dans nos laboratoires Le succès du séquençage était très similaire entre les souches B et non B , suggérant ainsi que la diversité du sous-type ne représente pas une limite Nos résultats sont en accord avec ceux récemment obtenus dans d’autres études, montrant un grand succès de l’amplification et du séquençage aussi chez LLV [,,,] Nos résultats avec LLV peuvent ne pas refléter le vrai mais l’analyse phylogénétique a confirmé la fiabilité et la reproductibilité dans nos laboratoires de tests génotypiques à différents niveaux de virémie. En effet, en évaluant les séquences pol obtenues à partir de patients ayant au moins des GRT réalisées à des moments différents. et avec différents niveaux de virémie allant de & lt; à & gt; copies / mL, une similitude très élevée entre les séquences du même patient a été observée. Il faut souligner que l’étape supplémentaire de la PCR nichée n’affecte pas le coût total du test de génotypage, car les réactifs utilisés sont peu coûteux. Étape de la PCR, le montant total des coûts du génotypage du VIH n’est augmenté que d’environ € – € par échantillon réalisé Par conséquent, nous pouvons conclure que l’utilisation de la GRT pour l’optimisation du traitement chez les patients infectés par le VIH avec échec thérapeutique au LLV est dans tous les cas Rentabilité La pertinence clinique de nos résultats est liée au fait qu’au cours des dernières années, il y a eu une augmentation de la demande de GRT chez les patients ayant des antécédents de défaillance du LLV principalement ≤ copies / mL, comme indiqué dans notre analyse; Figure, expliquée par une plus grande tendance à surveiller étroitement les patients en termes de réponse au traitement et de résistance aux médicaments Dans notre ensemble de données, la proportion de demandes de patients présentant un échec du traitement par LLV est d’environ% puisque nos résultats corroborent le recrutement déjà discuté. résistance à des niveaux de virémie ≤ copies / mL [, -], soulignant l’importance des GRT également à LLV pour l’optimisation du traitement chez les patients en échec virologique. À cet égard, il convient de souligner que l’optimisation du protocole de séquençage dans le Dans notre étude, une prévalence considérable de la résistance a également été retrouvée au LLV parmi les échantillons analysés chez des patients pour lesquels la thérapie a échoué. Cette découverte prouve que la détection de la résistance aux médicaments a été détectée palpitations. n’est pas un événement rare dans ces plages de faible virémie. Un déclin de la prévalence des PRM a également été observé au très haut Une forte prévalence de la résistance aux INTI et aux INNTI au LLV a également été constatée lorsque l’analyse se limitait à des échantillons de patients ne recevant pas de traitement. Ces dernières années, cette prévalence peut être due à l’utilisation massive de médicaments à faible barrière génétique tels que la lamivudine / emtricitabine ou l’éfavirenz / névirapine. En évaluant l’effet de la résistance au LLV sur les résultats virologiques ultérieurs, nous avons trouvé que la probabilité d’atteindre virémie & gt; copies / mL par semaines après que le LLV était significativement plus élevé chez les patients avec une résistance que chez ceux sans résistance Ceci suggère fortement que la détection précoce de la résistance quand la virémie est encore & lt; copies / mL peut empêcher l’évolution vers ia défaillance virologique avec une virémie plus élevée et ii l’accumulation de mutations supplémentaires, affectant ainsi le choix des futurs schémas thérapeutiques Une limitation potentielle de cette analyse pourrait être celle qui a été réalisée seulement sur un très petit ensemble de données de patients En ligne avec nos données, une étude récente, réalisée dans une cohorte plus large de patients, a confirmé que la résistance LLV est prédictive de l’échec virologique ultérieur Pris ensemble, ces résultats renforcent le concept que la GRT peut être utile dans la gestion des échecs. à LLVData présenté dans notre étude, en accord avec des articles précédents et avec des données récemment présentées [,,], suggèrent que de nouvelles directives pourraient reconsidérer l’importance de la GRT dans la pratique clinique même au LLV. Au cours des dernières années, les recommandations de traitement ne recommandent toujours pas la TJR chez les patients dont la charge virale plasmatique est comprise entre et copies / mL En con clusion, notre étude, réalisée dans la pratique clinique standard, confirme que les mutations de résistance aux médicaments peuvent être détectées même à faible charge virale, quels que soient les gènes cibles antirétroviraux, et peuvent considérablement réduire les options thérapeutiques actuelles pour d’autres schémas thérapeutiques. l’utilisation du test génotypique lors des premiers échecs du traitement, même à faible virémie, pour guider le choix d’un traitement alternatif efficace

Remarques

Remerciements Nous remercions Andrea Biddittu, Massimiliano Bruni, Luca Carioti, Fabio Continenza, Alberto Giannetti, Massimo Giuliani, Anna Pacifici, Daniele Pizzi et Marzia Romani pour le séquençage et la gestion des données, ainsi que tous les membres du Groupe de Résistance de l’Institut National. pour les maladies infectieuses « Lazzaro Spallanzani »: R Acinapura, A Ammassari, A Co-président Antinori, G Anzidei, F Baldini, R Bellagamba, E Boumis, F Ceccherini-Silberstein, S Cerilli, R D’Arrigo, P De Longis, G D’Offizi, F Forbici, L Fabeni, S Galati, ML Giancola, E Girardi, C Gori, R Libertone, G Liuzzi, P Lorenzini, P Marconi, S Mosti, P Narciso, V Neri, E Nicastri, CF Perno Co- Président, C Pinnetti, MM Santoro, P Sette, V Svicher, C Tommasi, V Tozzi, U Visco-Comandini et M Zaccarelli, et le groupe de résistance de l’hôpital universitaire Tor Vergata: C Alteri, M Andreoni Coprésident, D Arménie , A Bertoli, AR Buonomini, F Ceccherini-Silberstein, L Dori, S Giannella, T Guenci, G Maffongelli, Soutien financier Ce travail a été soutenu par le programme-cadre de la Commission européenne CHAIN, le Réseau collaboratif de lutte contre le VIH et la résistance aux médicaments anti-VIH, numéro de projet intégré; le Réseau européen de traitement du SIDA NEAT, numéro de contrat LSHT / CT //; le ministère italien de la santé CUP: EJ, Ricerca Corrente et Progetto AIDS, numéro de subvention H; et la Fondation AVIRALIA subvention sans restriction Conflits d’intérêts potentiels M M S a reçu des fonds pour assister à des symposiums, prendre la parole et organiser des activités éducatives auprès d’Abbott, de BMS Bristol-Myers Squibb, de Merck Sharp & amp; Dohme MSD et Janssen A Am ont reçu des fonds pour l’adhésion au conseil consultatif de MSD EN a reçu des fonds pour assister à des conférences, y compris des services sur les bureaux des conférenciers et des subventions de recherche de Janssen, Pfizer, MSD et ViiV Healthcare. de Pfizer, Novartis, MSD, Astellas, Carefusion et Johnson & amp; Johnson MA a reçu des fonds pour assister à des symposiums, parler et organiser des activités éducatives ainsi que le soutien à la recherche de subventions de Abbvie, BMS, Gilead Sciences, et ViiV Healthcare F CS a reçu des fonds pour assister à des symposiums, parler et organiser des activités éducatives. MSD, Gilead, Janssen, ViiV Healthcare, Roche et Virco A An ont reçu des fonds pour assister à des symposiums, des conférences, des subventions de recherche et des conseils de Abbvie, BMS, Gilead Sciences, MSD, Janssen et ViiV Healthcare. Participer à des symposiums, parler, organiser des activités éducatives, subventionner la recherche, conseil et conseil consultatif d’Abbott, BMS, Gilead, MSD, Janssen, Pfizer, Roche et ViiV Healthcare Tous les autres auteurs ne signalent aucun conflit potentiel Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Les conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués